メッシュの中に、面を持たない頂点や辺が存在していると、他のデータ形式にエクスポートする際にトラブルの元になります。このような頂点は残さないほうがいいです。
メッシュメニューには「クリーンアップ」の中に「孤立を削除」というコマンドがあります。頂点を全選択した状態でこのコマンドを実行すると、面を持たない頂点が一気に削除されます。
ただし、問答無用に削除するため、どのような頂点が削除されるのかわからず、ちょっと不安です。そこで、面を持たない頂点を選択状態にするスクリプトを作ってみました。あとはXキーで削除するだけです。
import bpyこのスクリプトは、メッシュオブジェクトを編集モードにして実行してください。
import bmesh
bpy.context.tool_settings.mesh_select_mode = [True, False, False]
bpy.ops.mesh.select_all(action = 'DESELECT')
obj = bpy.context.edit_object
me = obj.data
bm = bmesh.from_edit_mesh(me)
loops = set(y.index for x in bm.faces for y in x.verts)
non_faces = [x.index for x in bm.verts if x.index not in loops]
for i in non_faces:
bm.verts[i].select = True
bmesh.update_edit_mesh(me, True)
(2015/6/16追記)
孤立した頂点を作ってしまう原因は、分離コマンドのキー割り当て(Yキー)なんじゃないかと思っています。移動などでの軸指定のつもりでYキーを押したつもりが、タイプミスでYキー単独で入力してしまうと、頂点だけ複製されることになります。
これを防ぐ方法の一つは、デフォルトのキー割り当てを変更することです。キー割り当ての変更は、こちらの記事をご参照ください。
(2015/9/13追記)
メッシュメニューのクリーンアップについて説明追加しました。